水
在沼气发酵过程中，由于蒸发作用，沼气中存在一些量的水分，未经处理的沼气通常含有饱和水蒸气，其含量与温度有关。沼气中的水分会引起后续利用一系列问题，例如，水和二氧化碳等混合后形成碳酸溶液腐蚀管道。
另外，水会减低沼气热值进而影响沼气利用。根据燃烧阶段的温度和压力，冷凝水会造成热交换器和排气部件堵塞。
氨是沼气中常见的杂质气体，氨来源于养殖废水、屠宰废水以及奶制品废水的蛋白质水解过程，沼气发酵过程氨氮过高会抵御产甲烧过程。
沼气气柜的气体置换：
通常煤气和沼气的气体置换采用氮气采用氮气气体置换不但成本比较高，而且置换速度慢在沼气置换时采用空气置换不但成本低，而且置换速度快但采用空气置换需注意以下几点：
1、选择适当的鼓风机：主要考虑鼓风机的风压及风量风压太低沼气柜较难上升风压太高，沼气柜上升太快风量太小沼气柜上升太慢，要根据沼气柜的平衡压力及沼气柜的有益容积确认鼓风机型号。
2、沼气柜的放气阀应控制放气速度：放气速度太快气体易与钢板摩擦产生火花造成严重后果。
3、沼气气柜气体置换应先开沼气柜钟罩周边阀门：先置换沼气柜周边沼气再开钟罩中间阀门置换中间气体这才能保障储气柜内没死角位置。
4、应定期检测出气的含氧量，保障沼气含量不在低限及高限的范围之内。
据了解，沼气气柜中的橡胶密封膜长时间运行会产生老化、褶皱，沼气设备价格，并且皮膜随着气柜的升降会频繁拉伸，粪污沼气处理设备，受到摩擦力和拉力之影响，陇南沼气设备，构成了皮膜破而泄漏了沼气。密封角钢位置处皮膜紧固螺栓松动、密封腻子老化失效引起泄漏。
针对气柜密封系统泄漏的问题采用如下方法：
（1）通过气柜静置气密性试验，确认气柜是否泄漏。
（2）发现有泄漏的，在置换了沼气柜后，向沼气柜里面冲入了氮气或是空气，使用肥皂水进行试漏，查找出泄漏的起因并且妥善处理。
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